\"卷!第\"期!#$$\"年\"月!第!
趋磁细菌的磁小体结构相关蛋白研究进展\"
潘卫东!吕!静!陈传芳!宋!涛\"\"
中国科学院电工研究所!电磁生物工程研究组!北京&’’’%’
摘要!!趋磁细菌的磁小体由双层脂分子包被!膜上含有很多特异性的可溶和跨膜蛋白!在磁小体基质和颗粒间连接中还存在其他结构相关蛋白4趋磁细菌通过对磁小体膜或结构相关蛋白的遗传调控!实现从铁的吸收$氧化和还原)铁氧化体的沉积和成晶)磁小体链的装配和维护等一系列环节!取得了原核细胞中的最高结构水平之一)))膜状细胞器结构4趋磁细菌借助磁小体结构对外界磁场%包括地磁场&信号作出响应亦提供了一个磁感受生物物理机制和地磁生物效应的简单模型4
关键词!!趋磁细菌!磁小体!结构相关蛋白!!趋磁细菌是一类具有趋磁性行为的细菌!体内
((磁小体\"含有由膜包被的纳米磁性颗粒(,-7?$8
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性质!$C6<6,?X?4磁小体多数具有磁铁矿\")a($
一般认为!膜状的细胞器结构是真核细胞所特
!’’
有的!在细菌和古生物中缺乏&4然而!趋磁细菌
的磁小体结构因具有真核生物膜状细胞器的明显特点!已成为研究原核生物细胞器生物学的理想模式
’!&系统&4在磁小体的复杂结构中!磁小体结构相关
少数具有硫铁矿\"性质!通常多个磁小体在菌X?D)($
)(*’
内排列成链&4磁性颗粒被认为是一个生物磁罗
盘!在地磁场中使趋磁细菌取向!由此简化它们搜
’’\"(&寻适合的微好氧环境以利于生长&4
蛋白的作用不容忽视4首先!趋磁细菌通过相关蛋白精确控制磁铁矿的生物矿化过程!以使其结晶在单磁畴大小范围内4其次!生长的颗粒通过相关蛋白相互作用正确装配成线形链结构4最后!在磁小体形成后维持链的结构方面相关蛋白也发挥了重要
’*!&%!&3
作用&4除此之外!从磁感受生物物理机制和
磁小体中的每一磁铁矿晶体由双层脂分子包被!膜上含有很多特异性的可溶和跨膜蛋白!在铁的吸收-氧化和还原!以及调节磁铁矿结晶等诸多
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方面发挥作用&4据估计!磁小体的膜结合蛋&*’白含量约占整个细胞蛋白总量的’44从结合&f&
地磁生物效应的研究来看!趋磁细菌在地磁场中的取向是完全基于磁小体结构!因为不产磁小体的磁细菌或非磁性突变株对外界磁场作用不反应4由此可见!对磁小体结构\"膜$相关蛋白的不断研究和深入探索!不仅能诠释生物矿化过程中大分子的靶向定位和相互作用机制!阐明磁小体和真核生物胞内细胞器之间的进化关系!亦有助于理解原核生物真$核生物磁感受器官的结构演化和功能变换4令人欣慰的是!随着近年来研究的深入和发展!对磁小体
方式来看!有些蛋白和磁小体紧密结合并镶嵌在膜
’&#上!而另一些则和磁小体松散结合&4就结构组成
而言!大部分的磁小体膜蛋白属于几个蛋白家族!包括PLN蛋白-HMX蛋白-JC:F类丝氨酸蛋白酶和趋磁细菌特异蛋白家族!个别蛋白甚至包含共价结合的5型血红素4不过!在其他生物矿化系统中普遍存在的糖蛋白在磁小体中却未被发
’&(!&#!&\"(&3现&4
’’*$’3$’&收稿!!’’\"$’&$’3收修改稿!!
批准号#)和人类前沿科学计划\"项目()$!’*\"’#’%JXDL$9.6?7?<.<0@75C.67-7[-/.5-C.6760;-5C?:.-/,-7?C.5!\"国家自然科学基金\"RR88
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结构相关蛋白的组成成分和功能的认识正逐步得以加强4本文对近期有关趋磁细菌的磁小体结构相关蛋白研究进展作一小结!结合我们实验室正在开展的合作研究项目!就其中部分重要结果进行简单的讨论4
有一个推测为跨膜区的疏水域和在H端含有一个高度酸性的结构域!在分子中部和H端之间还包含酸性氨基酸如赖氨酸-酪氨酸和精氨酸4这些结构特征亦存在于其他与磁小体紧密结合的蛋白A,<#!
A,<\"和A,<&)中4重组A,<*在M+2KA4中表达!具有铁结合能力4在体外!A,<*能单独促成人造磁结晶的形成由此可见!分子对磁小体囊
!!磁小体的膜结合蛋白
在磁螺菌8+0\"ECF4:*GA!H%:HADN$&的磁小体膜上至少发现&%种蛋白!除了AA!!和A,<&*外!其余的蛋白都由推测的磁小体合成基因岛中的
$G$’;-$G$.B和$$:*基因簇a
NX<编码!包括A-,F!A-,9!A-,H!A-,M!A-,+!A-,X!A-,V!A-,\\!A-,A!A-,>!A-,a!A-,W!A-,N!A-,D!A-,P和A,<*4其中%种膜蛋白和已知家族有同源性!有些以多重同源物形式存在于磁小体膜上%其他&’种膜蛋白为特异蛋白!只在趋磁细菌中存在!分别是A-,H!A-,M!
A-,X!A-,V!A-,\\!A-,W!A-,N!A-,D!
A-,P和A,<*&&#
’
4另一方面!在磁螺菌8+$G01H542I$FA9
$&的磁小体膜上也发现了(%种蛋白!其中%种蛋白为磁小体膜所特有!分别是A,与磁小体紧密结合的A,<#!A,<*!A,<\"!
A,<&)!以及AR
装配过程中的部分重要蛋白作一阐述4 \"!!&H0!6 A,<&*\"&*Y@!具VPL酶活性$是8+$G0%H541I$FA9 $&中表达量最丰富的磁小体相关蛋白!和真核生物中控制萌发囊泡发育和运输的小VPL酶性质相似!推测其参与了磁小体膜囊泡的形成 &!!’ 4该蛋白还和一些细菌的LJ9颗粒相关蛋白有微弱的序列相似性4A,<&*在分离的磁小体中存在4然而!A,<&*和深红红螺菌\"JFK!K:C4\"4AAI$\"IL\"I$$中的多聚羟丁酸解聚激活蛋白FR[相似程度很高!在体外A,<&*能代替FR[的功能4由此!在磁螺菌中A,<&*的功能可能与磁小体合成无关!在体内其和磁小体膜的相关性有待进一步确定 &&\"’ 4 \"’!&H06 A,<*的分子质量为*Y@!由包含一个信号肽分子的前体转化而来4成熟的A,<*分子在>端含 4A,<*泡内铁氧化物的沉积提供了一个成晶位点&!)’4 !\"(!&.HI 磁螺菌8+0\"ECF4:*GA!H%:HADN$&中的A-,\\蛋白由(!*个氨基酸残基组成!其特征是酸性氨基酸含量高\"&%4\"f$和包含一个重复结构域!后者经常存在于其他与生物矿化相关的蛋白!如软体动物 壳中&!(’4通过构建A-,\\$缺失突变体\"#$G$N$研究发现!A-,\\蛋白在磁小体链装配中发挥重要作 用4其可能的机制是!A-,\\蛋白将空的磁小体囊泡和细胞骨架丝相联系!随着磁结晶的生长!成熟的磁小体沿着细胞骨架丝定位于细胞中部4通过磁小体膜之间的相互作用!磁小体链结构进一步得到 稳固&!(’4 目前已知!$G$N和$G$O基因\"编码细胞骨架丝结构$在已经研究的趋磁细菌基因簇中为共转录!但二者具体的表达调控和作用方式!以及A-,\\与其他磁小体结构相关蛋白之间的作用机制 尚待进一步研究&!( ’4!\",!&.H’’!&.HC\" 磁螺菌8+$G0%H5K5G2542I$AD$&中的A-,!!对应于8+$G0%H542I$FA9$&中的A,蛋白存在于磁小体基质中!与磁小体松散结合!少部分可能存在于磁颗粒间隙中4A-,!!分子中有#(*个PLN基元!后者在很多生物的蛋白中广泛存在!由)(&*个)(个氨基酸残基组成的重复串联而成!功能为介导蛋白$ 蛋白相互作用和多蛋白复合体的装配&!*(!3’4 b6,?./.等认为!A-,!!可能是总的磁小体装 配和维护过程中的一部分!如蛋白分选-磁小体囊 泡激活等!缺乏A-,!!导致该过程受到影响&! ’’ 4%!2!%** \"卷!第\"期!#$$\"年\"月!第! P-6Y-等发现!A-,!!缺失的磁小体仍保持链状结构!推测A-,!!并不直接参与磁小体链结构的维 ’!3 护&-,!!分子可能作为磁小体结构中蛋4尽管A白蛋白相互作用的受体与磁小体基质相结合!或参$ 与磁小体膜中多蛋白复合体的装配!但与A-,!!结合的具体磁小体相关蛋白尚待确定4 !\"5!其他膜蛋白 A-,9和A-,A属于金属转运蛋白的阳离子扩散易化蛋白家族成员!该蛋白家族的主要功能是泵出毒性的二价阳离子如锌-铬-钴等重金属离 ’&# 子&4A-,9和A-,A与HMX)亚家族相似程度较高!而后者由假想的铁转运蛋白所组成4初步的 簇中的$G$O基因所编码!是细菌类肌动蛋白A:?9的同源物!后者在细菌中能形成丝状结构!参与细胞形状决定-细胞极性建立和染色体分离 ’!&!)’()% 等&4通过在A-,b蛋白H末端融合绿色荧光蛋白\"!探测AVXL$-,b蛋白的亚细胞定位!发 现A-,b$VXL融合蛋白几乎沿着内曲面呈直线排列!延伸贯穿细胞大部4推测A-,b可能聚合成平行状长丝结构!围绕磁小体侧向排列成一个网 ’!&络&4 能形成磁铁矿颗粒$G$#基因突变体\"$G$#$# 和在磁场中取向!和野生型相比!没有细胞形状或生长缺陷4但突变体不能形成长链结构!只是!()个相邻磁小体堆积!彼此分隔较远!分散于整个细 !&’ 胞中%同时!突变体中也未见丝状结构&4利用 研究表明!A-,9和A-,A可能参与了磁小体的 定向铁吸收4 A-,+和A-,a与JC:F类丝氨酸蛋白酶相’&# 似&4JC:F类蛋白含有一个保守的类胰蛋白酶结构域!以及&(!个LM‘结构域!其功能是作为分子伴侣和热休克诱导的蛋白酶!对周质中错误折叠的蛋白进行降解4A-,+和A-,a可能在磁小体膜装配过程中!通过对膜蛋白的处理-成熟和定位!参与磁小体的形成4 A-,H属于趋磁细菌的特异蛋白家族!只存在 !3’ 于磁小体膜上!功能不详&4作为膜蛋白!A-,H带有两个跨膜螺旋区!和已知蛋白没有同源性4其结构特征是存在明显的疏水基元!富含亮氨酸和甘 ’&#氨酸重复序列&4这些基元和蚕丝蛋白-软体动物 细胞进行互补实验$G$#1@P7对突变体\"$G$#$# 表明!大约&#f细胞能够重建长而有序的磁小体链!以及磁小体相关丝状结构的重现4上述结果表明!原核生物和真核生物一样!也能利用类肌动蛋白细胞骨架丝在胞内定位细胞器结构4A-,b蛋白可能借助磁小体合成因子亚细胞靶向!建立链的特异定位起作用%或者!它在磁小体产生后维持链的 !&’结构方面发挥功效&4 ’\"’!其他结构相关蛋白 除了A!A-,\\-,b和A-,F蛋白之外!其他属于$G$’;基因簇的基因亦有可能编码相应的磁小体结构相关蛋白\"图&$4以磁螺菌8+$G%H54210I$FA9$&为例!A-,N!A-,K和G$LQRSR- 壳框架蛋白!以及弹性蛋白和软骨蛋白中的富含亮氨酸和甘氨酸重复序列有惊人的相似性4上述蛋白均有强烈的自发聚集倾向!部分蛋白还参与了其他的生物矿化过程4 G$LQRTQ基因的编码蛋白它们的共同特征为结构中不包含跨膜螺旋域!这就意味着该蛋白可能以可溶形式定位于磁小体膜之外如磁小体基质和颗粒间连接等的外在组分中!并参与了磁小体整体结构的装配或维护过程4本文就这些蛋白的分子表征作一概述!如表&所示4 ’!磁小体结构相关蛋白 ’\"!!细胞骨架蛋白&.HJ A-,b蛋白由磁小体合成基因岛$G$’;基因 图!!磁螺菌()*+,-./01*C&;)!的*+*23基因簇物理谱#\"卷!第\"期!#$$\"年\"月!第! %*\" $表!!*()+*23基因簇部分磁小体相关蛋白分子表征#*+,-./01*C&;)!#分子表征 A-,N 分子质量.Y@等电点.JR同源检索 34)34&* A-,K)&4334(& 基!因!产!物 FA9’3\"3!(4!#4*# FA9’3%’((4!34*# .二酰基甘油激酶催化区M>F结合域?Q5.<.67-\"\"_. 鞘氨醇激酶和真核\"TH9# 二酰基甘油激酶相关酶$ 周质丝氨酸蛋白酶\"^?d类受体\"G%H18+H8+$0$$$G%H5K5G2542I$AD$&5K5G2542I$AD$&0无 无 保守结构域 !磁小体结构相关蛋白之间的相互作用和可 能机制 !!目前研究认为!磁小体是由铁磁体颗粒-磁小体膜-磁小体基质和颗粒间连接(个组分所构 成&!3 ’4在磁小体膜上包含大量的膜结合蛋白!相互 作用实现铁离子的转运-氧化和还原!以及铁氧化 物的沉积和铁磁体的成晶过程&*!&(!&\"!)3’4此外!在 磁小体基质和颗粒间连接中还存在很多可溶性蛋白!它们之间的相互作用不仅促成了磁小体整体结构的装配和维护!对趋磁细菌的磁响应功能也提供了结构保障4以A-,!!蛋白为例!A-,!!蛋白中包含#(*个PLN基元!一般认为其作用是介导蛋白质$蛋白质间相互作用和装配成多蛋白复合体&!*(!3’4X@Y@,6:.等利用J. 感受*外界磁场信号\"包括地磁场$的能力!引发趋磁细菌的磁响应4 首先!磁小体膜由细菌质膜内陷形成4接着!磁铁矿结晶在囊泡中生长和成熟!同时磁小体膜相 图’!磁场处理对磁螺菌()*+#,-./01*C&;)!磁小体链结构的影响 图(!磁小体链结构可能的装配和维护示意图关蛋白\"A,<&*!A-,H!A-,+和A-,F等$ !以及细胞骨架蛋白A-,b!连接蛋白A-,\\等开始和磁小体膜相互结合-作用4随着铁磁颗粒的不断 ($%*% \"卷!第\"期!#$$\"年\"月!第! 成熟!其他磁小体结构相关蛋白如A-,N!A-,K等亦可能发挥牵引-定位功能!最终装配形成成熟的磁小体链!对外界磁场\"包括地磁场$信号作出响应4相关蛋白在磁小体链的维护过程中亦发挥作用4 !3’ 铁矿结晶矿质表面的直接作用等&4然而!磁小体 膜蛋白的结构和组成在分子水平上如何控制各式各样的磁铁矿晶体的大小-结构和形状0磁小体膜结构在细胞周期中是如何组织和装配的0对这些问题的深入研究将有助于在体外重建磁铁矿的生物矿化过程!有助于利用仿生学手段将磁小体纳米颗粒改造成需要的结构和磁性!和进一步的生物技术应 ,!磁小体结构相关蛋白研究的前景与展望 趋磁细菌通过对磁小体膜或结构相关蛋白的遗传调控!实现从铁的吸收-氧化和还原(铁氧化体的沉积和成晶(磁小体链的装配和维护等一系列环节!取得了原核细胞中的最高结构水平之一!并以 此创造出最适趋磁性能&3!&)!!(!(’((!’ 4迄今为止!尽 管对磁小体链形成的生物学机制!包括各种磁小体膜或结构相关蛋白相互作用的研究等已取得不少重要结果!但笔者认为!未来研究应当在生物矿化机制和分子相互作用!磁小体相关蛋白的仿生学应用!以及磁感受元件的解析和功能表征等方面重点加强和有针对性地开展4 \"& $在生物矿化机制研究方面!趋磁细菌磁小体的独特性质使其成为地质生物学家的潜在生物标 记和研究生物矿化的理想系统&&’!()!(( ’4趋磁细菌若 要产生磁小体!则必须产生囊泡!靶向特定蛋白至囊泡并控制其在细胞中的数目和位置4一旦启动!铁磁体的生物矿化将以时间和空间上相互协调的方式在多个囊泡中同时进行4在此过程中!磁小体膜或结构相关蛋白显示出动态和生长依赖的亚细胞定位4除此之外!趋磁细菌能从非磁性到磁性状态快速转变!表明在蛋白定位水平上可能还存在极化现 象&!3!(#!(*’ 4进一步的研究将有助于诠释这方面的疑 问4 \"! $在磁小体蛋白分子的相互作用方面!磁小体膜或结构相关蛋白的有序表达和正确定位是一个中心问题4研究发现!磁小体膜蛋白的表达并非严格地与完整磁小体的形成相偶联4蛋白组分析证实!一些膜蛋白经过了翻译后的剪切和加 工&&(!&#!(\"’4到目前为止!对于磁小体膜蛋白尚未发现共同的序列基元或分类信号&*!&%’4一些膜蛋白表 现出典型的膜蛋白特征!而另外一些则相当亲水!可能定位于质膜一侧4这表明!磁小体膜蛋白的结合可能不只是通过疏水相互作用!一些膜蛋白可能通过其他的作用方式!如蛋白$ 蛋白相互作用或与磁用&(%(#!’4 \") $在磁感受元件的解析和功能表征方面!尽管在高等生物中亦发现了类似趋磁细菌中的磁小体 链结构&#)(#3 ’!但趋磁细菌却提供了一个简单的磁感受和地磁效应的模型&#\"!*’’4对于外界磁场\" 包括地磁场$信号而言!趋磁细菌的磁感受体系完全基于磁小体结构!因为磁小体膜\"结构$相关蛋白如A-,\\!A-,b等的缺失或突变将直接造成趋磁细 菌磁响应能力的丧失或减弱4但是!磁小体的膜\" 结构$相关蛋白与磁感受功能的确切关系如何0趋磁细菌中是否存在能够)感受*外界磁场\"地磁场$信号的最小结构或功能单位!其组成如何0已发现的磁小体膜\"结构$相关蛋白有否参与其中!等等4对此问题研究的不断深入探索!亦能为阐释磁定向和磁感受这一基本生命现象中的生物物理机制提供一定思路4 参!考!文!献 &!9/-Y?,6:?NL4A-8 7?C6C-5C.5;-5C?:.-4D5.?75?!&3\"#!&3’\"(!&!$#)\"\"()\"3 !!X:-7Y?/N9!9/-Y?,6:?NL!B6/0?ND4A-8 7?C.C?.70:?<^Z-C?:,-87?C6C-5C.5;-5C?:.-4D5.?75?!&3\"3!!’)\"()%\"$#&)##(&)#*)!9-E] /.7 #!9-E]/.7 *!9-E]/.7 6C?<4>-CN?=A.5:6;.6/!!’’(!!\")$#!&\"(!)’\"!X:-7Y?/N9!9/-Y?,6:?NL4>-=.8-C.67-/56,R-<<.7,-8 7?C.5;-5C?:.-4\\6@:7-/60A-87?C.<,-7[A-87?C.5A-C?:.-/$#&#*!(&#*(\"卷!第\"期!#$$\"年\"月!第! %*3 %!M?/67X!X:-7Y?/N9!9-E/.7 3!9-E/.7 &’!潘永信!邓成龙!刘青松!等4趋磁细菌磁小体的生物矿化作用 \"$#和磁学性质研究进展4科学通报!!’’(!(3!(!#’#(!#&’!9&&!V6:;?=?:.[?P\\/-Y?,6:?NL4H^-:-5C?:.E-C.6760]dF!98 #!!C^?;-5C?:.-/,-7?C6<6,?,?,;:-7?4\\9-5C?:.6/&3%%&\"’\"!$81;6@7[C6;-5C?:.-/,-7?C.5R-:C.5/?<.78G%H5K:4\"4AAI$$G80C0#C:-.7FA9$&4\\9.6/H^?,!!’’)!!\"%\"&’$%\"(#(%H542I$<%\"#’ !(!D5^?00?/F!V:@ Y@[-d!M?7[-b!X@Y@,6:.d4H/67.77[?7??756[.7?Z,?,;?:60C^?C?C:-C:.56?C.[?R:6C?.70-,$88-7RR./:6,,-7?C6<6,?<608G%H5K:4\"4AAI$$G%H5K5G2542I$+]080C0%)((%(& !!D5^g/?:M4X6:,-C.6760,-87?C6<6,?<.7,-8 7?C6C-5C.5;-5C?:.$-4\\A6/A.5:6;.6/9.6C?5^76/!&333!&\"& $#\"3(%*)!A-C<@7-8-P!D-Y-8@5^.P4A6/?5@/-:,?5^-7.<,60,-8 7?C06:,-C.67.7;-5C?:.-4\\9.6<5.9.6?78!!’’’!3’\"&$#&(&)(!D5^g/?:M4A6/?5@/-:-7-/]<.<60-<@;5?//@/-:56,R -:C,?7C#P^?,-87?C6<6,?,?,;:-7?.78G0%H5K:C4\"4AAI$0\"ECF4:*GA1!H%:H+F:5^A.5:6;.6/!!’’(!&%& \"&$#&(\"#!V:@7;?:8b!A @//?:+H!aCC6F!?C-/49.65^?,.5-/-7[R:6$C?6,.5-7-/]<.<60C^?,-87?C6<6,?,?,;:-7?.78G0%H5K:C4\"4A1AI$0\"ECF4:*GA!H%:H+FRR/+7=.:67A.5:6;.6/!!’’(!\"’\"!$#&’(’(&’#’ *!V:@7;?:8b!B-Z?:H!P?;69A!?C-/4F/-:8 ?8?7?5/@ -P!aY-,@:-d4V?7?<-7[R:6C?.7<.7=6/=?[.7;-5$C?:.-/,-87?C.5R-:C.5/?06:,-C.674P:?7[ /?C?8?76,?FN?3!X@Y@[-d!aY-,@:-d!P-Y?]-,-J!?C-/4M]7-,.5-7-/] <.<60-8?76,.5.$#%’&(%&!’!b6,?./.F!O-/.J!9?=?:.[8?P\\!?C-/4A-8 7?C6<6,?=?<.5/?<-:?R:?-C/F5-[D5.KDF!!’’(!&’&\"&&$#)%)3()%(( &!b6,?./.F!T.‘!>?Z,-7Mb!?C-/4A-8 7?C6<6,?<-:?5?//,?,;:-7?.7=-8.7-C.67<6:8-7.E?[;]C^?-5C.7$/.Y?R:6C?.7A-,b4D5.?75?!!’’*!)&&\"#\"#%$#!(!(!(# !!aY-,@:-d!P-Y?]-,-J!A-C<@7-8-P4F,-87?C6<6,?$ V?7?!&33*!&\"&\"& $#33(&’!!*!D5^,.[DT!M-,Y?J4H6-C?[=?<.5/?<#F[.=?:<.C]6 006:,-7[0@75C.674X-\"&($#&((#(&(#)!\"!N6C^,-7\\+4P^?R:6C?.7,-5^.7?:]60=?<.5/?;@[[.78-7[0@$<.674L:6C?.7D5.!&33*!#\"! 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