按照新政策的调整，乡镇指定医院，农民花销100元以上的报销比例可达到85%，县级医院按照400元以上可报销，比例达到75%，市级医院需达到1000元以上才可报销，报销比例为65%。
1、门诊报销比例：如果是在村卫生室及村中心卫生室就诊报销60%;镇卫生院就诊报销40%;二级医院就诊报销30%;三级医院就诊报销20%。
2、住院报销比例：镇卫生院报销60%;二级医院报销40%;三级医院报销30%。
3、大病医疗报销比例：凡参加合作医疗的住院病人一次性或全年累计应报医疗费超过5000元以上分段补偿，即5001-10000元补偿65%，10001-18000元补偿70%。并且只要是在镇级合作医疗住院及尿毒症门诊血透、肿瘤门诊放疗和化疗，每年还可限额补偿1.1万元。
法律依据：
《中华人民共和国社会保险法》 第三十条 下列医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围：
(一)应当从工伤保险基金中支付的;
(二)应当由第三人负担的;
(三)应当由公共卫生负担的;
(四)在境外就医的。
医疗费用依法应当由第三人负担，第三人不支付或者无法确定第三人的，由基本医疗保险基金先行支付。基本医疗保险基金先行支付后，有权向第三人追偿。
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