法律分析：在公司犯罪方面，公司可以通过多种方式保护自己的合法权益。首先，公司应该建立有效的内部控制机制，避免员工的违法行为。其次，如果公司的员工或代理人犯罪，公司应积极配合司法机关调查，并采取必要的内部措施，避免进一步损失。最后，如果公司受到了非法侵害，可以通过法律途径维护自己的权益。
法律依据：
1.《中华人民共和国公司法》第四十五条规定：“公司应当建立健全内部控制制度，防止公司成员及其代理人的违法行为。”
2.《中华人民共和国刑法》第七十三条规定：“公司犯罪的，对公司罚金，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依照各自的罪刑数罚款、拘役或者有期徒刑。”
3.《中华人民共和国刑事诉讼法》第九十八条规定：“犯罪嫌疑人、被告人的所在单位，应当配合司法机关的调查和采取必要的内部措施，防止继续犯罪或者隐瞒证据。”
4.《中华人民共和国民事诉讼法》第二百二十九条规定：“权利受到侵害的公司，可以依照法律规定，向人民法院提起民事诉讼，要求撤销侵害公司权利的行为，排除妨碍，恢复原状，赔偿损失。”
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