员工检查出职业病公司要赔偿下列费用：员工治疗工伤期间的工资福利；五级、六级伤残职工按月领取的伤残津贴；以及双方解约后员工应当享受的一次性伤残就业补助金。而医疗费；鉴定费等费用则依法由工伤保险基金来支付。
【法律依据】
《中华人民共和国社会保险法》第三十八条
因工伤发生的下列费用，按照国家规定从工伤保险基金中支付：
（一）治疗工伤的医疗费用和康复费用；
（二）住院伙食补助费；
（三）到统筹地区以外就医的交通食宿费；
（四）安装配置伤残辅助器具所需费用；
（九）劳动能力鉴定费。
第三十九条
因工伤发生的下列费用，按照国家规定由用人单位支付：
（一）治疗工伤期间的工资福利；
（二）五级、六级伤残职工按月领取的伤残津贴；
（三）终止或者解除劳动合同时，应当享受的一次性伤残就业补助金。
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