三轮车非法营运的处罚标准如下：
1、扣留车辆并处罚款500元后放行；
2、第二次查获扣留车辆，并处罚款500元，记12分外，对达不到电动三轮摩托车标准的三轮电动车辆违法行为的认定和处理，按照非机动车进行管理。
如何构成非法营运
1、未取得道路运输经营许可；
2、以营利为目的；
3、服务对象为必须是不特定的社会公众；
4、利用客运，货运车辆；
5、服务内容为道路运输服务。
法律依据：《中华人民共和国道路运输条例》第六十三条
违反本条例的规定，未取得道路运输经营许可，擅自从事道路运输经营的，由县级以上地方交通运输主管部门责令停止经营；有违法所得的，没收违法所得，处违法所得2倍以上10倍以下的罚款；没有违法所得或者违法所得不足2万元的，处3万元以上10万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
第六十五条
违反本条例的规定，未经许可擅自从事道路旅客运输站（场）经营的，由县级以上地方交通运输主管部门责令停止经营；有违法所得的，没收违法所得，处违法所得2倍以上10倍以下的罚款；没有违法所得或者违法所得不足1万元的，处2万元以上5万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
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