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3-羟基丙酸途径研究进展

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维普资讯 http://www.cqvip.com ■ 2007,V 0J_24 No.7 Ch与生物Z程 emistry&Bioengineering 3一羟基丙酸途径研究进展 刘冰,刘成。张鲲。邹少兰,吴经才,张敏华 (天津大学石油化工技术开发中心绿色合成与转化教育部重点实验室,天津300072) 摘要:3一羟基丙酸途径是人们近些年才发现的一种新的C() 固定途径,存在于橙色绿屈挠茵和多种嗜酸嗜热的古 细菌中。途径中的关键代谢中间产物为3羟基丙酸,并且涉及到多种在其它的自养C()z固定途径中并不常见的多功能 酶。介绍了近几年3一羟基丙酸途径研究的新进展及其理论意义和潜在的应用价值。 关键词:【’()。固定;3羟基丙酸途径;橙色绿屈挠茵;古细菌;多功能酶, 中图分类号:TQ 225.41 文献标识码:A 文章编号:1672—5425(2007)07—0008—04 碳是构成生命体的重要元素。尽管CO或甲烷可 被少数微生物利用,但是绝大多数生物体内的碳来源 于CO ,是由自养生物的CO 固定途径得到。虽然许 多微生物在回补反应中能同化或固定CO ,但只有自 养型微生物能利用CO。作为它们的唯一碳源或主要碳 化的过程中,3一羟基丙酸途径是生命体早期自养生活 方式的尝试之一。 l 3一羟基丙酸途径的发现及研究进展 1986年,Holo等人成功地在自养条件下培养了 橙色绿屈挠菌。这是一种丝状、滑移运动的嗜热细菌, 是绿色非硫细菌的主要代表。它具有多种营养类型: 有氧条件下可以化能异养生长,而厌氧条件下可以光 能异养生长或光能自养生长 ]。Holo等研究发现橙 色绿屈挠菌光能自养生长时是以CO 为唯一碳源的, 但是在这个菌中又没有发现以前已知的三种CO:固定 源,因此从某种意义上来说,CO:的自养固定过程对于 生命体是至关重要的,是地球上最重要的生命过程。 自然界中存在多种C()2固定的途径,其中最主要的 是卡尔文循环,又称为还原戊糖磷酸循环。它广泛存在 于绿色植物、蓝细菌、绝大多数光合细菌和全部好氧的 化能自养菌中。而在古生菌,一些绝对厌氧菌和一些微 好氧菌中,还存在其它类型的C( 固定途径,包括还原 性TCA途径、厌氧乙酰CoA途径和3一羟基丙酸途径。 途径中的任何一种关键酶类,进一步研究证实橙色绿 屈挠菌的CO:固定途径是以微生物代谢中十分罕见的 3一羟基丙酸为代谢中间物的,基于以上的这些发现, Holo提出了固定CO=的3一羟基丙酸途径的假设[ ]。 还原性TCA途径存在于少数光合细菌和绿硫细菌中; 厌氧乙酰CoA途径则存在于产甲烷菌、硫酸盐还原菌 和产乙酸菌等化能自养细菌中;而近年来人们在橙色绿 屈挠菌(ChlorofleJ'US aurantiacus)和一些古细菌中发现 了一种新的C【)2固定途径,由于这一途径以3一羟基丙酸 后来,Strauss等人通过 C同位素标记实验和无细胞 提取物中酶活的测定,证明了3一羟基丙酸途径确实存 在于橙色绿屈挠菌中,并且初步分析了这一循环中涉 及到的酶类…。随后的几年里,人们先后研究了参与 该循环的各种酶类的酶学性质,阐明了这些酶催化反 应的机制 ;与此同时,人们在一些古细菌中也发现 了类似的C() 固定途径。 这一新发现的C() 固定途径的起始物质是乙酰 为特征性代谢中间物,因此称为3一羟基丙酸途径_lj。 3一羟基丙酸途径具有与其它三个途径不同的鲜明 特点:首先,它是一个双循环偶联的代谢过程;其次,途 径中涉及到多种多功能酶,这在其它的自养途径中并 不常见;此外,途径中的关键中间产物一3一羟基丙酸 在生物代谢过程中十分罕见。3一羟基丙酸途径首先发 现于橙色绿屈挠菌中,对其16S rRNA的研究结果表 CoA,通过循环过程可固定两分子CO。转化为一分子 乙醛酸,并且乙酰CoA得到了再生。但是开始时有一 个问题困扰着人们,那就是C()。固定的产物乙醛酸的 代谢去路并不清楚,曾有的学者认为乙醛酸转化为甘 氨酸或丝氨酸参与了细胞代谢,但后来Heter等人通 过研究发现并不是这样,而是乙醛酸进入了另一循环 明,此菌不与其它任何细菌类群有紧密的关系,并且是 细菌树中一个古老的分支 。】,同时它的这种自养机制 在目前已知的其它所有细菌中也都不存在;而后又在 多种古细菌中发现了类似的途径,这可能暗示了在进 收稿日期:2007—03—09 作者简介:刘冰(1982一).男,河北南宫人,硕士研究生,研究方向:代谢工程与生物质能源的转化;通讯联系人:刘成,研究员,研究 方向:生物化工。E mail:liubingl25420@gmail.com。 维普资讯 http://www.cqvip.com 刘 冰等:3-羟基丙酸途径研究进展/2007年一7啊 ■ CoA转移酶 和甲基苹果酰CoA裂合酶 基因,并 对其酶学性质进行了研究。可以相信很快人们也就会 弄清楚后一个循环中的各个酶的酶学性质以及催化反 应机理,使3一羟基丙酸途径更加完善。 过程,并且在后一循环中又固定了一分子CO ,最后形 成了CO 固定过程的终产物——丙酮酸L】。。“j。也就 是说,橙色绿屈挠菌中的3一羟基丙酸途径是由通过乙 醛酸连接的两个循环组成的(图1)。为了区别途径的 这两个循环,分别将其命名为3一羟基丙酸循环和甲基 苹果酸循环。最近,Friedmann等人在大肠杆菌中克 隆表达了后一个循环中的琥珀酰CoA:甲基苹果酸 2橙色绿屈挠菌中的3一羟基丙酸途径 丙 ①乙酰CoA羧化酶(E.C 6.4,1.2);②丙二酸单酰CoA还原酶(E,C,1.1.卜和E.C.1.2.1,一);③丙酰CoA合成酶(E,C.6.2.1.一.E,c.4.2.1. 和E.C.1.3.1.一);①丙酰CoA羧化酶(E.C.6.4.1,3);⑤甲基丙二酸单酰CoA异构酶(E,C.5.1.99.1);⑥甲基丙二酸单酰CoA变位酶 (E.C 5,4.99.2);⑦琥珀酰CoA:L-苹果酸CoA转移酶;⑧琥珀酸脱氢酶(E.C.1,3.5,1);⑨延胡索酸水合酶(E.C.4.2.1.2);⑩L-苹果酰CoA/ 甲基苹果酰C(-A裂合酶(E.C.4.1.3.24);⑨⑩未知反应;⑩琥珀酰CoA:a一甲基苹果酸CoA转移酶;⑩a-甲基苹果酰CoA裂合酶 图l 橙色绿屈挠菌中的3一羟基丙酸途径[1 Fig.1 The 3一hydroxypropionate pathway in C aurantiacus 橙色绿屈挠菌中的3一羟基丙酸途径的起始物质 是乙酰CoA,在前一个循环——3一羟基丙酸循环中,乙 酰CoA经过丙二酸单酰CoA和3一羟基丙酸等中间物 转化为丙酰CoA,此过程中固定了一分子的CO。;丙 参与生物合成过程。因此在橙色绿屈挠菌中,3一羟基 丙酸途径是3一羟基丙酸循环与甲基苹果酸循环偶联 形成双循环来共同实现CO 固定的,其实际效果是将 三分子的CO。转化为一分子的丙酮酸L】 ¨j。 酰CoA经过a一甲基丙二酸单酰CoA、琥珀酰CoA等 中问物转化为L一苹果酰CoA,此过程中又固定了一分 子的CO。;随后I 一苹果酰CoA在L一苹果酰CoA/ff甲 基苹果酰CoA裂合酶的作用下分解为乙酰CoA和乙 醛酸,乙醛酸同样又在这个酶的作用下进入了后一循 环过程一一甲基苹果酸循环中。 有趣的是甲基苹果酸循环与3一羟基丙酸循环的 CO 固定的过程一般都是耗能过程,3一羟基丙酸 途径亦不例外。在通过3一羟基丙酸途径固定C() 的 过程中,每固定3 mol的C() 5'J 1 mol的丙酮酸就要 消耗5 tool的ATP和6 tool的NADPH,消耗能量的 反应主要有乙酰CoA羧化酶和丙酰CoA羧化酶催化 的C() 固定的反应以及由3一羟基丙酸生成丙酰CoA 的反应。这个途径总的反应式为: 3HCOa+6NADPH+5ATP+4H‘+FAD —— 部分途径完全相同,即乙酰CoA经过丙二酸单酰 CoA、3-羟基丙酸生成丙酰CoA;而与3一羟基丙酸循环 CH。COCOOH+6NADP +3ADP+3Pi+2AMP+ 2PPi+H2 O+FADH2 不同的是,丙酰CoA不是继续转化为a一甲基丙二酸单 酰CoA,而是与3一羟基丙酸循环的产物乙醛酸反应, 在橙色绿屈挠菌中的CO 固定过程中有三个代谢 过程比较特殊:①由丙二酸单酰CoA生成丙酰CoA 的过程;②由苹果酸生成乙醛酸和乙酰CoA的过程; ③乙醛酸在L一苹果酰CoA/ 甲基苹果酰CoA裂合酶 经过一系列中问物,最终再生了乙酰CoA,并生成了 CO:固定的终产物——丙酮酸,作为通用的结构单元 维普资讯 http://www.cqvip.com 圆 的作用下的同化过程,目前为止其它的自养生物中没 有出现过这些代谢过程[6 。 同时,3.羟基丙酸途径中涉及到多种多功能酶,这 刘 冰等:3-羟基丙酸途径研究进展/2007年囊7啊 菌中虽然存在3~羟基丙酸途径的主要部分,但是却有 自身独特的乙酰CoA再生系统;此外,最近的研究表 明虽然硫化叶菌与橙色绿屈挠菌中的丙二酸单酰 些酶能够催化多个连续的反应,比如在丙酰CoA合成 酶催化下由3一羟基丙酸生成丙酰CoA的过程就是由 i步反应组成的: CoA还原酶在代谢路径中催化相同的反应,但是它们 之间几乎没有同源性,有着不同的性质[=l 。综合这几 点人们猜测古细菌中的代谢途径很有可能是一种以 3一羟基丙酸+c。A+ATP 竺 3一羟基丙酰CoA+AMP+PPi4-H 3一羟基丙酸途径为基础的几种自养途径的结合体 。 4 3一羟基丙酸途径的理论意义和潜在的生物 技术应用 目前大规模燃烧化石能源造成的CO 的大量排 放是造成温室效应的主要原因,并且CO 作为最廉价 最丰富的碳资源,广泛存在于自然界中,橙色绿屈挠菌 和其它一些古细菌中发现的3一羟基丙酸途径作为一 种新的CO 固定途径,对于这个途径的深入研究有助 于人们更加全面地认识和理解地球上的碳循环过程, 更加深刻的理解CO 固定的机制,有助于人们解决日 益恶化的生态环境问题,有助于人类更好地利用自然 3一羟基丙酰CoA一丙烯酰CoA+H O 丙酰CoA+NADP 丙烯酰CoA+NADPH+H 一总的反应式为: 3一羟基丙酸+ATP+c。A+NADPH 塑 丙酰CoA+AMP+PPi+NADP +H2O 途径中这种类似的多功能酶还包括丙二酸单酰 CoA还原酶、I 一苹果酰coA/ 甲基苹果酰CoA裂合 酶等,这种多功能酶在其它自养CO。固定途径中也并 不常见。另外值得强调的是,丙二酸单酰CoA还原酶 其它已知的微生物代谢途径中尚未出现过,同时它的 稳定性又很好,因此它可以作为3一羟基丙酸途径的特 征酶,用来验证3一羟基丙酸途径 ]。 界中的碳资源。 3一羟基丙酸途径中涉及到多种多功能酶,多功能 3古细菌中的3一羟基丙酸途径 在古菌域(Archaea)泉古菌门(Crenarchaeota)的硫 化叶菌科(Sulfolobaceae)的一些菌株中也发现了类似 3一羟基丙酸途径的C( 固定过程,这些菌包括布氏酸菌 (Acidianu,:brierleyi)、勤奋金属球菌(Metallosphaera sedula)、金属硫化叶菌(Sulfolobus metallicus)和下层嗜 酸两面菌(Acidianus infernus)等 是以3一羟基丙酸为代谢中间物的。 与橙色绿屈挠菌不同的是,布氏酸菌和勤奋金属 球菌中的3一羟基丙酸途径催化CO。固定反应的乙酰 ]。虽然在这些 菌中的3一羟基丙酸途径在细节上有所不同,但是它们都 酶催化由于催化中心的距离很近,在催化连续的反应 时效率较高,研究3一羟基丙酸途径中的多功能酶有助 于了解多功能酶的分子生物学机制。特别是乙酰 CoA羧化酶,它是脂肪酸生物合成途径中的关键酶 类,但是在真核生物体内它的各个亚基是处于游离状 态的,而在勤奋金属球菌的3一羟基丙酸途径中的乙酰 CoA羧化酶,可分离为一个大的复合体,非常稳定,可 以用来研究晶体结构,解决晶体结构问题对于基因治 疗有潜在的影响[1 。 同时,3~羟基丙酸途径涉及了多种化学物质,这对 于我们利用现代生物技术生产化学品有着重要的指导 意义。以关键代谢产物3~羟基丙酸为例,3一羟基丙酸 是乳酸的异构体,可以生产多种有用的下游产物如1, 3一丙二醇、丙烯酸、丙二酸、丙烯酰胺等。美国能源部 2004年的一份报告 将3一羟基丙酸列为12种最具潜 力的生物基平台化工品之一,随着化石能源的逐渐消 耗和枯竭,发展生物基化工路线已成大势所趋,3一羟基 CoA羧化酶和丙酰CoA羧化酶其实是同一种酶—— 双功能的酰CoA羧化酶。一般来讲,在生物代谢中乙 酰CoA羧化酶与脂肪酸代谢有关,而丙酰CoA羧化 酶则与丙酸代谢有关,而这两种菌一方面脂质中不含 有脂肪酸..另一方面又不能利用丙酸生长,同时在这两 种菌中发现了很高的酰CoA羧化酶酶活,这成为这两 种菌中存在3一羟基丙酸途径的有力证据之一L1 。 丙酸途径的研究必定会对这些高价值化工品的生物法 生产提供丰富的理论背景。 参考文献: [1]StraUSS G,Fuehs G.Enzymes of a novel autotrophic c()2 fixation pathway in the phototrophic bacterium ChloroJTexus aurantiac , 但是目前为止,人们还不能证明硫化叶古细菌的 3一羟基丙酸途径中的由琥珀酰CoA形成乙酰CoA的 过程。而在布氏酸菌中[1 ,没有发现存在于橙色绿屈 挠菌3一羟基丙酸途径中的苹果酰CoA裂合酶的活性, 也没有发现代谢乙醛酸的酶类,这说明在硫化叶古细 the 3-hydroxypropionate cycle[J].European Journal of Biochem— istry,1993,215(3):633—643. r2]Prescott 1 M.Harley J P.Klein D A.Microbiology(5th)[M]. 维普资讯 http://www.cqvip.com 刘 冰等:3-羟基丙酸途径研究进展/2oo7年一7啊 Boston:McGraw-Hill,2002:470. 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Advances in Studies of 3一HydrOxyprOpiOnate Pathway LIU Bing,LIU Cheng,ZHANG Kun,ZOU Shao-lan,WU Jing-cai,ZHANG Min—hua (R&D Center for Petrochemical Technology。Key Laboratory for Green Chemical Technology, Tianjin University,Tian÷in 300072,China) Abstract:A new autotrophic pathway,3-hydroxypropionate pathway,has been discovered in Chloroflexus aurantiacus,a facuhative aerobic,phototrophic bacterium.Subsequently,similar pathways are discovered in many thermophilic and acidophilic members of the Crenarchaeota.The common character of these pathways is 3一hydroxypropionate as metabolic intermediate. And many multifunctional enzymes involved in this pathway are rare in other autotrophic pathways.Except theoretical significance,potential biotechnological applications for the 3-hydroxypropionate pathway are also evaluated. Keywords:CO2 fixation;3-hydroxypropionate pathway; Chloro・fl tional enzymes aurantiacus;Archaea;muhifunc— 

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