司马光取舍剪裁史事以体现自己政治理念的具体做法，颇有失当之处。例如，田余庆赏誉之为“深谙司马光的学识”的朱熹，即曾指出司马光径以己意摒弃旧史纪事的问题说：“温公修书，凡与己意不合者，即节去之，不知他人之意不如此。《通鉴》此类多矣。”具体来说，譬如其比较明显的一种去取倾向，乃“温公不喜权谋，至修书时颇删之”，朱熹不禁为之感叹云：“奈当时有此事何?只得与他存在。若每处删去数行，只读着都无血脉意思，何如存之，却别做论说以断之。”朱子复有语云，此等“温公好恶所在”，皆“着其事而立论以明之可也，岂可以有无其事为褒贬”?有些不合司马光心意的史事，虽然也被载录《通鉴》当中，但这只是出于某种资以鉴戒的特殊需要。例如，史载在全书修纂告成之前的熙宁元年二月十一日，司马光于“延英进读《通鉴》三叶毕，上更命读一叶半。读至苏秦约六国从事，上曰：‘苏秦、张仪掉三寸舌，乃能如是乎?’光对曰：‘秦、仪为纵横之术，多华少实，无益于治。臣所以存其事于书者，欲见当时风俗专以辨说相高，人君委国而听之，此所以谓利口之覆邦家者也。’……上曰：‘卿进读每存几谏。’光对曰：‘非敢然也，欲陈著述之本意耳。’”司马光这种率以己意取舍史料的倾向，在动手撰修《通鉴》以前，就一直存在。如其尝撰《史剡》，谓“愚观前世史，有存之不如其亡者”，故作此书。书中论及萧何营建未央宫事云：
萧何作未央宫。高祖见宫阙壮甚，怒。何曰：“天下方未定，故可因遂就宫室。且天子以四海为家，非壮丽无以重威，且无令后世有以加也。”高祖乃说。
剡曰：是必非萧何之言。审或有之，何恶得为贤相哉!天下方未定，为之上者拊循喣妪之不暇，又安可重为烦费以壮宫室哉?古之王者，明其德刑而天下服，未闻宫室可以重威也。创业垂统之君，致其恭俭以训子孙，子孙犹淫靡而不可禁，况示之以骄侈乎?孝武卒以宫室糜弊天下，恶在其无以加也?是皆庸人之所及，而谓萧相国肯为此言乎?
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