公司保护驰名商标的方式：
1、专门设立驰名商标保护的法律制度，预防驰名商标侵权；
2、认定驰名商标时，应当遵循个案认定、被动保护的原则处理；
3、不以注册为保护前提条件。例如，对复制、摹仿或者翻译他人未在中国注册的驰名商标的申请，禁止使用并不予注册；
4、其他方式。
【法律依据】
《中华人民共和国商标法》第十三条
为相关公众所熟知的商标，持有人认为其权利受到侵害时，可以依照本法规定请求驰名商标保护。
就相同或者类似商品申请注册的商标是复制、摹仿或者翻译他人未在中国注册的驰名商标，容易导致混淆的，不予注册并禁止使用。
《驰名商标认定和保护规定》第四条
驰名商标认定遵循个案认定、被动保护的原则。
第十九条
各级工商行政管理部门应当建立健全驰名商标认定工作监督检查制度。