集体土地使用证和房产证二者存在的区别是：
1、办理机构不同。房产证在房管局办理登记；集体土地使用证在国土资源管理局办理；
2、权限不同。集体土地使用证证只发给具备建房条件的农村村民；而房产证是发给拥有房子所有权权的单位或个人的，只要有合法的权属依据，任何人都可以申领房产证。
《土地管理法实施条例》
第三条
国家依法实行土地登记发证制度。依法登记的土地所有权和土地使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。土地登记内容和土地权属证书式样由国务院土地行政主管部门统一规定。土地登记资料可以公开查询。
《城市房地产管理法》
第六十条
国家实行土地使用权和房屋所有权登记发证制度。