医疗机构费用补偿比例规定：乡镇卫生院90%，县级医院70%，市级医院60%。省内医疗机构起付线和补偿比例有具体规定，省外医疗机构起付线为3000元，补偿比例为50%。市级医院补偿比例低于县级医院。
法律分析
乡、区、市级定点医疗机构可报费用占医疗总费用的比例分别不低于90%、80%、70%。
省内：
一级医疗机构：乡镇卫生院(包括分院)起付线50元，补偿比例90%他公立医疗机构：县内起付线200元，补偿比例70%外按二级县外相应比例执行。
二级医疗机构：县内起付线为200元，补偿比例85%外市内起付线500元，补偿比例65%外起付线1000元，补偿比例55%。
三级医疗机构：市内起付线800元，补偿比例为60%外起付线1500元，补偿比例55%。
未确定等级的政府办医疗机构：市内起付线800元，补偿比例60%外起付线1000元，补偿比例55%民营医疗机构(不分级别)：县内起付线400元，补偿比例为65%内起付线800元，补偿比例为55%外起付线1500元，补偿比例45%。
省外：
二级以上公立医疗机构起付线3000元，补偿比例为50%。
二级以上非公立医疗机构起付线2000元，补偿比例为40%。
按照上述规定，在市级医院补偿比例要比县级医院低。
拓展延伸
市内新农合报销标准及申请流程
市内新农合报销标准及申请流程是指在市区范围内，农村居民参与新农合医疗保险后，享受医疗费用的报销标准和具体申请流程。根据相关规定，市内新农合报销标准根据不同的医疗项目与费用进行分类，并按一定比例进行报销，具体比例和上限可在相关部门查询。申请流程一般包括填写申请表格、提供相关医疗费用凭证、提交材料等步骤。申请人需按照规定的流程和要求进行申请，经审核后可获得相应的报销金额。建议申请人在申请前详细了解市内新农合的报销标准和申请流程，以便顺利享受医疗费用的报销。
结语
市内新农合报销标准及申请流程需要根据医疗项目和费用分类进行报销，具体比例和上限可咨询相关部门。申请流程包括填写申请表格、提供医疗费用凭证、提交材料等步骤。建议申请人在申请前详细了解相关规定，以便顺利享受医疗费用的报销。
法律依据
《中华人民共和国社会保险法》
第二条国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度，保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。
第三条社会保险制度坚持广覆盖、保基本、多层次、可持续的方针，社会保险水平应当与经济社会发展水平相适应。