农村土地确权有纠纷时首先由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。
单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。
农村土地确权纠纷是指当事人因土地所有权和使用权以及其他有关土地的权利归属问题发生的争议。
一、宅基地确权跟兄弟有什么区别，以其弟弟是否有份
我国宅基地使用权实行一户一宅制，宅基地的使用权只能一户人家拥有，因此，宅基地属于共有的，可以先协商解决，协商不成的，可以由乡级人民政府或县级以上人民政府处理，而单位之间的争议则由县级以上人民政府处理；对处理结果不服的，可以自收到处理结果通知之日起30日内向人民法院起诉。
二、应该如何打宅基地纠纷官司
打宅基地纠纷官司的方法如下：
1、农户之间发生宅基地权属争议，当事人双方应尊重历史，相互谦让，协商解决问题，双方协商成功，最好签订协议。双方达成的协议，不得违反有关法律、法规，不得损害国家、集体的利益和其他村民的合法权益；
2、协商不成的，当事人任何一方或双方可到当地乡镇政府或土地管理所等受理机关提出处理申请；
3、如果乡镇不受理，当事人双方可直接向县政府或国土局申请，若符合受理条件，可指定受理或直接受理。受理机关对受理的宅基地权属争议，可先行调解，调解无效的，应当作出处理决定；
4、当事人对处理决定不服的，可在收到处理决定通知之日起15日内向上一级处理机关申请复议，也可以在接到处理决定后30日内，直接向人民法院起诉。
【本文关联的相关法律依据】
《土地管理法》第十四条
土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决;协商不成的，由人民政府处理。
单位之间的争议，由县级以上人民政府处理;个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。
当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。
在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。