在确保代理费管理办法与企业整体战略目标保持一致的过程中，可以采取以下措施：
设定明确的代理费用预算：首先，企业需要根据整体战略目标，制定明确的代理费用预算。预算可以基于历史支出、预期销售额和市场需求等因素来制定，确保代理费用在可控范围内。
确定代理费用的核心指标：企业需要确定代理费用的核心指标，例如销售额、市场份额、客户满意度等。这些指标应与企业整体战略目标相关联，确保代理费用的支出能够直接或间接地促进实现战略目标。
建立绩效考核机制：建立代理商的绩效考核机制，将代理费用支出与代理商的表现和达成的目标挂钩。通过奖惩机制激励代理商积极促销产品或服务，从而实现企业整体战略目标。
定期评估和调整：定期评估代理费用支出的效果，与企业整体战略目标进行对比分析。根据评估结果，及时调整代理费用管理办法，确保与战略目标保持一致。
案例分析：比如某企业的战略目标是提升市场份额，那么在制定代理费用管理办法时可以考虑将代理费用与市场份额的增长挂钩，鼓励代理商积极开拓市场。同时，通过定期评估代理费用支出对市场份额的影响，及时调整管理办法，确保代理费用支出与企业战略目标保持一致。
综上所述，企业可以通过设定明确的预算、确定核心指标、建立绩效考核机制和定期评估调整的方式，确保代理费用管理办法与企业整体战略目标保持一致。