企业以员工迟到为由扣除其工资，此举是违法的行为。
工资应依法按照每月的标准，以货币方式支付给劳动者，不可随意或无辜推迟。
迟到现象在一些场合下可能构成违背企业内部规矩的行为，从而使企业有权运用经规范制定且予以暴露公示的规定，对该性质的员工实施警告、罚款等正当处罚手段，然而，直接扣除工资的行动并不符合法律要求。
如遇此类情形，首先需要确定相关的企业规定是否经过法定程序和内容认可。
倘若未经法许可，即有权力要求相关机构全数退还所扣除的金额。
此外，建议与企业指定的人力资源部门进行探讨交流，如果未获满意结果，还可考虑向劳动监察部门投诉或提出劳动仲裁请求，以保护个人的合理权益。
