亚特兰大俱乐部成立于1907年，由一群瑞士移民创立，最初被称为“亚特兰大贝加莫体操及田径运动会社”。直到1914年，该俱乐部才得到意大利足球总会的官方认可。1924年，亚特兰大与“贝加莫体操及箭艺会”合并，形成了“亚特兰大&贝尔加马斯卡体操击剑俱乐部”。1928年，俱乐部迁移至现今的会址。
球队在1929年首次参加意大利足球联赛。直到1937年，亚特兰大才首次晋升意甲，但随即降级。1940年，球队再次挑战意甲，并保持顶级联赛的席位直到1958年。1963年，亚特兰大队以3-1战胜都灵队，赢得了首个意大利杯冠军。
进入70年代后，亚特兰大队经历了在甲乙级联赛间波动的时期。尽管如此，他们在这个时期仍培养出如菲利普·因扎吉和维埃里等杰出球员。1999-2000赛季，亚特兰大队在瓦瓦索里的带领下，赢得了重返意甲的资格。
亚特兰大队在意甲的最佳成绩是1948年的第五名，而他们唯一的奖杯是在1963年获得的意大利杯。在欧洲赛场上，他们的最佳表现是进入1988年欧洲冠军杯的四强和1991年欧洲联盟杯的八强。
该俱乐部培养了许多著名球员，如多纳多尼、塔奇纳迪、莫菲奥、帕齐尼、蒙托利沃、佩利佐利和达拉博纳等。曾效力于亚特兰大的知名球员包括卡尼吉亚、斯特罗姆博格、艾林美奥、蒙特罗、维埃里、因扎吉、伦蒂尼、卢卡雷利和多尼等。
在2009/10赛季，亚特兰大队的开局不利，遭遇四连败。2009年9月22日，俱乐部解雇了格雷古奇教练，由安东尼奥·孔蒂接替。在2010-2011赛季，亚特兰大仍在意乙联赛中挣扎，并因操纵比赛结果而受到处罚。
2012/13赛季，亚特兰大队在意甲联赛中获得第15名。
