国内外已经应用的转基因植物主要的目的基因包括以下几类：
1、抗虫的基因：cry1Ab、cry1Ac基因抗鳞翅目昆虫，cry3A基因抗鞘翅目昆虫等。
2、耐除草剂的基因：CP4epsps基因抗草甘膦类除草剂，bar基因、pat基因抗草丁膦类除草剂。
3、抗病的基因：主要是一些病毒的外壳蛋白基因，也有一些是复制酶基因等。如转番木瓜环斑病毒（PRSV）外壳蛋白（CP）基因抗环斑病的番木瓜，转烟草花叶病毒(TMV)外壳蛋白基因抗花叶病的番茄。
4、耐贮存的番茄和增加鲜花保质期的基因：删减过的ACC（1-氨基环丙烷-1-羧酸）合酶编码基因，导入植物后能抑制本身的ACC合酶活性，减少了乙烯生成，延长了保质期和鲜花寿命。
5、抗逆性状基因：抗旱的冷激蛋白基因，耐盐碱的甜菜碱醛脱氢酶基因（badh）等。
