1、性状不同：雌黄呈大小不一的不规则块状，颜色主要是黄色，在雌黄的表面通常会有一层黄色粉末，有轻微光泽，在熔化后通常会变成金黄色，且能够溶于碳酸钠溶液。雄黄可呈块状或颗粒状，颜色多为深红色和橙红色，表面有光泽，雄黄在磨碎后颜色多为橙红色，不能溶于碳酸钠溶液；
2、功效不同：雌黄入肝经，性平，有解毒、除燥、镇痰的功效，主要用于治疗疟疾泄泻、瘀血腹痛、瘰疬、疮痈、疥癣、痔疮、虫蛇咬伤等疾患。雄黄性温，入胃，肝经有解毒杀虫的功效，同时雄黄可制成雄黄酒，具有强身健体的功效；
3、适宜人群不同：雌黄主治口疮、多痰涎久不愈者。雄黄配合其他药物或治疗手段，可用于治疗疮疡、银屑病、蛔虫、蛲虫病、慢性支气管炎、蛇咬伤、腮腺炎以及癫痫等疾病。