公积金还房贷是直接在公积金账户扣款。住房公积金账户内余额大于所需还款额时，从公积金账户内直接扣除。账户余额不足以抵扣还款额时，需往公积金联名卡内存所需还款额。需要注意存入数额必须等于或大于本期还款数额，不能存入公积金不足的数额。
公积金冲还贷方式：
一次性还款法：是指每年一次向受托行提取住房公积金账户余额，一次性冲还贷款本金，并按照冲还贷后的剩余贷款本金和还款期限重新计算月还款额。一次性冲还贷后，每月的还款需要使用客户的自有资金，不使用公积金帐户里的钱。
逐月还款法：是指每月直接从委托人公积金账户中提取用于归还当月贷款本息的办法。提取的公积金金额不足时，委托人应及时补足其还款金额。这种方法不仅可以冲公积金的贷款本息，而且还可以冲商业性的贷款本息。
1、可以申请再次扣款
如果是扣款日还没有过的情况下，可以向扣款银行卡中转入充足的还款金额，然后向公积金贷款机构拨打电话申请重新扣款。
2、可以补缴
如果是单位缴纳公积金扣款日余额不足，可以在后面补交，《住房公积金管理条例》第二十条规定，单位应当按时、足额缴存住房公积金，不得逾期缴存或者少缴。
需要注意的是，如果是住房公积金贷款银行扣还月供时个人还款账户中余额不足，则会记录逾期信息在个人征信记录中，没有办法补救，为了防止再次记录逾期，应立即存入足够的月供，待银行再次扣还。